金州副都統衙門由五進院落組成，全部建筑沿中軸線對等排列，共有建筑17棟53間，有副都統公館、大堂、印務處、左司、右司等副都統機構。此建筑具有典型的明清時期東北方古代建筑風格和官衙建筑特點，是國內目前保存最為完好的清代二品官衙，衙門及內部機構對研究清代官衙建筑和東北地方史有極其重要的意義。是大連市愛國主義教育基地和重點保護建筑。
1843年3月7日，清政府移駐熊岳副都統衙署于金州城內，統轄金州、旅順水師營協領和復州、蓋州、熊岳城守尉，管理旗民和軍事要務，隸屬盛京將軍。俗稱“旗衙門”。1900年7月27日駐旅大沙俄軍隊強占金州城，撕毀中俄《續訂旅大租地條約》中金州城由中國自行治理的條款，從此，金州副都統衙署被撤銷。
歷任副都統姓名及任職時間如下：
祥 厚 道光二十三年（1843）二月至道光二十八年（1848）十二月
貴 升 道光二十八年（1848）十二月至道光二十九年十一月
慶 璽 道光二十九年（1849）十一月至咸豐元年（1851）正月
瑞 昌 咸豐元年（1851）正月至咸豐三年（1853）正月
喀通阿 咸豐三年（1853）正月至咸豐三年（1853）二月
薩炳阿 咸豐三年（1853）二月至咸豐四年（1854）五月
慶 如 咸豐四年（1854）五月至咸豐五年（1855）二月
增 慶 咸豐五年（1855）二月至咸豐五年（1855）十二月
希拉布 咸豐五年（1855）至同治四年（1865）潤五月
安 圖 同治四年（1865）潤五月至同治十三年（1874）七月
毓 福 同治十三年（1874）年四月至光緒元年（1875）五月
誠 廉 光緒元年（1875）四月至光緒五年（1879）十一月
恩 佑 光緒五年（1879）十一月至光緒十年（1884）十二月
文 格 光緒十年（1884）十二月至光緒十三年（1887）三月
聯 恩 光緒十三年（1887）三月至光緒十四年（1888）四月
連 順 光緒十四年（1888）五月至光緒二十年（1894）十一月
穆隆阿 光緒二十年（1894）十一月至光緒二十年（1894）十二月
德升阿 光緒二十年（1894）十二月至光緒二十一年（1895）十月
壽 長 光緒二十一年（1895）十月至光緒二十四年（1898）七月
奎 鐸 光緒二十四年（1898）七月至光緒二十四年（1898）十月
明 順 光緒二十四年（1898）年十月至光緒二十六年（1900）六月
注：清光緒二十四年（1898）十月以后，至光緒二十六年（1900）六月，由旅順協領福升代理金州副都統。
金州副都統衙門博物館
金州副都統衙門博物館位于大連市金州區擁政街道民主街255號，這里先后為明代的金州衛治所、清代的金州副都統衙門、日本殖民統治時期的“金州警察署”、解放后金縣公安局舊址。1999年，金州區公安分局搬遷后，有關部門拆除該衙署，在原址上按照原建筑的布局進行翻建。翻建后的衙署在總體布局上基本保持了原有的風格。建筑及附屬園林總面積9000多平方米，各單體建筑均為土木結構，建筑類型為硬山式，梁枋彩繪以青黑為主。翻建后的衙署展現了遼南地區清代極盛時期官式建筑的風格，常年進行文物陳列和史實圖片展覽，定期舉行金州副都統巡游表演，重現八旗軍尚武雄風和滿族姑娘優美舞姿。金州副都統衙門是市級文物保護單位，是大連市愛國主義教育基地。